합동조사팀은 관련 자료수집, 기초조사, 언론 내용 분석 및 관련자 소환조사, 컴퓨터 및 핸드폰 포렌식 등을 통해 조사했다.

그 결과 합동조사팀은 언론에 보도된 4건의 SNS 계정이 국군사이버사령부 소속 군무원 3명과 현역(부사관) 1명의 것으로 확인했고, 본인들은 자신들의 계정이 맞다고 인정했다.

관련자들은 소환조사시 개인블로그와 트위터에 자신의 생각을 표현한 것이고 별도의 지시는 받지 않았다고 진술하고 있으나, 일각에서 제기되고 있는 부대차원의 조직적 개입 여부와 여타 기관과의 연관성 등을 밝히기 위해 수사로 전환했다.

국방부는 국민에게 한 점 의혹이 없도록 철저하고 투명하게 수사해 결과를 발표할 예정이다.

국방부는 또 주요 언론보도와 관련해서는 일부 사실관계를 바로 잡았다. 

국정원 예산지원으로 국정원이 사실상 사이버사령부 통제했다는 지적과 관련해서는 “국정원으로부터 지원받는 예산은 없으며 정보관련 예산은 국방부에 편성되는 국방비”라고 설명했다.

다만, 중복방지를 위해 국정원이 조정할 수 있지만 집행에 대해서는 관여하지 않는다고 밝혔다.

또 국정원 전 3차장과 현 사이버사 1처장·530단장과의 연계와 관련해서는 “일각에서 주장하는 3인이 합참 민군심리전부에 같은 시기에 근무한 사실이 없다”고 해명했다.

사이버사령부의 댓글 활동 성과로 대대적 포상을 받았다는 의혹에 대해서는 “대선 직후(2012년 12월 19~31일) 사이버심리전단에 대한 정부 포상 및 장관 표창은 없었다” 면서 “사령관 연말 정기 표창으로 6명을 수여했다”고 설명했다.

사이버사령부의 대선 전 대규모 군무원 선발 및 활용에 대해서는 “대선 전 대규모 선발이 아니고 2010년 1월 창설 때부터 연도별 점증적으로 증편하고 있다”고 밝혔다.

아울러 2012년에 군무원 선발이 증가한 이유는 북한의 2010년 천안함 폭침, 연평도 포격 도발과 2011년 3.4 DDoS, 농협 금융전산망 공격 후 북한의 사이버심리전 집중에 따라 군무원 79명(530단 47명)을 채용한 것이라 덧붙였다.